証明書には「更新」という概念がありませんので、新規の場合と同じ手順でお申し込みください。証明書の期限が切れると電子署名やS/MIMEでの利用ができなくなります。ただし、発行にはJCAN証明書で最大3営業日、1-2-3証明書の場合平均して1～2週間かかりますので、多少の余裕をもってお申し込みください。
なお、有効期限が切れても、それ以前に行った電子署名は有効です。