いいえ、料金は電子証明書の発行手数料です。 有効期限内であれば、取得した証明書で何枚でも署名できます。
さらに、複数台のPCに証明書をインストールすることも可能ですので、 例えばオフィスと自宅といった複数のPCで署名ができます。料金も変わりません。